La prima sala è dedicata alla cultura veneta dell’età del Ferro. Il materiale raccolto in questa stanza, proveniente quasi esclusivamente da necropoli, è disposto lungo tre allineamenti paralleli: sulla destra è posizionata una dozzina di stele funerarie figurate, nel mezzo della sala svettano due grandi vetrine contenenti i corredi delle tombe delle necropoli urbane patavine e nel lato nord è presente una serie di testimonianze dei luoghi di culto dei Veneti antichi scoperti a Padova e nel territorio.
Al primo gruppo di testimonianze appartengono 13 lastre rettangolari in trachite o calcare, databili tra il VI e il I sec. a.C., che in genere riportano una scena figurata di commiato, in cui il defunto è spesso effigiato a cavallo o su carro, e un’iscrizione parlante, nella quale è ricorrente il termine venetico "ekupetaris" ("signore del cavallo" o "cavaliere"). Tra le più importanti ricordiamo la stele di Camin (VI sec. a.C.) e quella di Ostiala Gallenia (I sec. a.C.).
Nelle vetrine centrali sono esposti i reperti provenienti dai tre nuclei di necropoli venete ubicate nel settore orientale della città, a nord del corso del Medoacus: necropoli di via Loredan, di via S. Massimo-via Tiepolo e del Piovego (via Ognissanti). La pratica funeraria attestata è quella incineratoria e il corredo tombale era generalmente costituito da situle, fibule, oggetti d’uso quotidiano e altri materiali, raccolti insieme alle ceneri in dolii o posto direttamente in buca. La Tomba dei vasi borchiati, rinvenuta nel 1974 in via Tiepolo, è sicuramente la più ricca e spettacolare di tutta la necropoli; il suo corredo, composto da ben 88 reperti fittili e bronzei, testimonia con chiarezza l’agiatezza della classe “alto-borghese” sul finire dell’VIII sec. a.C. Anche le tombe della fase successiva (VI sec. a.C.) restituiscono reperti distintivi di uno status elevato, come ad esempio una collana d’ambra baltica in associazione ad una serie di monili e pendagli (Tomba n.5, Necropoli di via Tiepolo) oppure protomi d’ariete, di cavalli e altri animali (Tomba dei Cavalli, Necropoli di via Tiepolo) o ancora una grande placca di cintura in lamina di bronzo (Necropoli di via Loredan). Sul fondo della sala è esposta una tomba di un uomo con cavallo (entrambi inumati) ritrovata nel 1988 presso la Necropoli del Piovego, che indica l’importante ruolo rivestito da questo animale nella civiltà veneta.
L’ultima sezione della sala è dedicata alle offerte simboliche (statuette in bronzo raffiguranti cavalli, cavalieri, guerrieri, devoti, divinità) provenienti dalle stipi cittadine (Stipe del Pozzo Dipinto e Stipe di San Daniele) e dei Colli Euganei (Stipe di San Pietro Montagnon).

Nelle vetrine di questa piccola sala è esposta una raccolta di statuette votive in bronzo di arte etrusca, italica e veneta, raffiguranti guerrieri, devoti e divinità. I bronzetti, realizzati con la tecnica della fusione a cera persa, provengono da scavi occasionali e da collezioni private.

E’ la sala che introduce alla mostra permanente sulla Via Annia. In questa anticamera è spiegato, mediante quattro grandi pannelli, come tale direttrice stradale assuma un’importanza particolare in quanto testimone del processo di romanizzazione che avvenne nell’area veneta tra il II e il I sec. a.C. La cartina presenta l’ipotetico tracciato di questo antico percorso stradale, che doveva partire da un ancora incerto capolinea meridionale e, passando per i centri di Padova, Altino e Concordia, giungere fino ad Aquileia. Accanto a questi pannelli è esposto un tratto di strada basolata trovato nel 1972 in via Altinate.

La quarta saletta funge da cerniera tra la sala preromana e quella romana della Via Annia; in questa sono infatti messe in risalto le testimonianze della fase di passaggio tra le due civiltà (seconda metà III sec. a.C.-I sec. a.C.). L’esito del processo di romanizzazione è riscontrabile soprattutto nelle pratiche funerarie.
Nella vetrina di sinistra sono esposti i corredi delle tombe 32 e 132 della necropoli di via Tiepolo-via San Massimo a Padova. In particolare, il secondo corredo (inizi III sec. a.C.), appartenente ad una defunta di rango, si caratterizza per il singolare rito funerario. All’interno della stessa fossa furono deposti un ossuario con il corredo e, separatamente, un dolio contenente un servizio da banchetto disposto su tre livelli: in basso una serie di vasi per offerte alimentari; nel mezzo altri vasi, tra cui uno skyphos in ceramica attica a vernice nera; in alto un set da fuoco e da banchetto miniaturistico in lamina di bronzo.
Nella vetrina di destra si segnalano una lamina in bronzo raffigurante una processione rituale da via Tiepolo-via San Massimo e i corredi funerari della tomba del campo sportivo “Walter Petron” (prima metà III sec. a.C.), contraddistinto dalla presenza di oggetti d’argento generalmente poco comuni nei centri veneti (fibula di schema medio “La Tène” con pendaglio “ad anfora”, anello “a sella”), e della tomba 30 della necropoli del palazzo ex Emo Capodilista (prima metà II sec. a.C.), nel settore sud-ovest della città, che rappresenta la prima attestazione patavina della deposizione di armi all’interno della sepoltura di un guerriero celtico integrato nella società del tempo.
Sulla parete opposta della sala si trova anche un calco in gesso della stele di Ostiala Gallenia esposta nella sala I.

L’ambiente è suddiviso in due sale, entrambe dedicate all’esposizione permanente della Via Annia.
Nella sala 5 l’allestimento è ripartito in sezioni secondo le diverse ipotesi di tracciato di questa direttrice, presentando per ciascuna le testimonianze archeologiche di età romana ritrovate nei luoghi del suo passaggio.
La prima sezione è destinata alla ricostruzione del percorso tra Adria e Padova. Tra i reperti più importanti relativi a questa direttrice ricordiamo un ritratto di Augusto in marmo (da Adria), una Venere in bronzo da Cavarzere loc. Rottanova (I-II d.C.), due monumenti funerari (uno da Casalserugo e l’altro da Lion), un’iscrizione votiva in calcare da Pozzoveggiani (I metà I sec. d.C.) e due stele funerarie iscritte.
La sezione successiva è dedicata all’ipotesi di tracciato tra Este e Padova. Le aree toccate da questo possibile itinerario hanno restituito una grande quantità di materiale, soprattutto epigrafico, ma anche un ritratto maschile in marmo (metà III sec. d.C.) e l’elegantissimo monumento funerario della giovane giocoliera liberta Claudia Toreuma del I sec. d.C. (un cippo in marmo riccamente decorato nella parte inferiore e dotato di una suggestiva iscrizione in versi nella parte superiore). I due centri più importanti e più prolifici di questo tratto stradale sono quelli legati all’area termale euganea: Montegrotto e Abano. Due grandi vetrine illustrano il materiale archeologico proveniente da questi due centri.
Nella sala 6 l’allestimento tratta del passaggio dell’Annia attraverso Patavium. L’arrivo della strada inserì la città in una nuova dimensione politico-commerciale, che ben presto la rese una delle più ricche di tutto l’Impero. L’ingresso in città doveva avvenire da sud, nella zona del teatro e della necropoli meridionale (Prato della Valle-Corso Vittorio Emanuele II). I reperti rinvenuti in quest’area sono tutti relativi alla sfera funeraria e comprendono stele iscritte, corredi e un tesoretto di monete d’argento del II-I sec. a.C. (dal Ponte delle Torricelle).
Una parte di questa sezione è dedicata anche al rapporto tra l’Annia e il corso dell’antico fiume Medoacus. Uno dei ponti più importanti di Padova romana è il cosiddetto Ponte San Lorenzo, che con la sua particolare posizione (poco più a sud del porto fluviale, vicino al foro e tangente a ben due direttrici commerciali) confermava la vivacità di questo settore urbano dedito alle attività commerciali. In questa sala è possibile ammirare un modellino ricostruttivo in legno in scala 1:20 e i calchi in gesso delle due iscrizioni che dovevano ornare il ponte.
In questa parte della mostra sono esposti i reperti provenienti dal quartiere più centrale della città, quello attiguo al foro e al porto fluviale (via VIII febbraio e via Oberdan, piazza Cavour, piazzetta Pedrocchi e via Garibaldi). I reperti più rilevanti di quest’area sono: una copia romana dell’originale ellenistico di un bellissimo busto di Sileno con chiari attributi dionisiaci rinvenuto in via C. Battisti (II sec. d.C.), un ritratto maschile in marmo (I sec. d.C.), alcuni reperti in bronzo (tra cui una laminetta bene augurale), balsamari in terracotta e vetro, fistulae aquariae in piombo, antefisse in terracotta (I sec. a.C.-I sec. d.C.) asportate probabilmente dall’anfiteatro romano, stele funerarie e iscrizioni votive, due statue femminili acefale ispirate a modelli iconografici del IV sec. a.C. e un mosaico pavimentale policromo (metà IV sec. d.C.).
L’ultima sezione della sala è dedicata al tratto nord-est del tracciato dell’arteria stradale (via Altinate, via Belzoni, via Marzolo, via Orus, via Tiepolo e via Gradenigo), lungo il quale si estendeva una vasta area funeraria. Un dato interessante emerge dal complesso di via Belzoni, in cui scavi recenti (1994-95) hanno messo in luce un intero comparto destinato a sepolture equine. Particolare è la stele a edicola cd. “del Centurione”, di epoca augustea, reperita in via Orus: il monumento presenta una nicchia interamente occupata dalla figura stante del defunto (Minucius Lorarius centurione della legione Martia).

Questa sala è dedicata alla parte finale della via Annia, quella che da Padova portava ad Aquileia, con un tracciato meglio noto rispetto al tratto precedente, grazie anche al ritrovamento di numerosi miliari, validi punti di riferimento per chi si metteva in viaggio. Tra questi ricordiamo il miliare di Camin (fine III-inizi IV sec. d.C.), che segnala la distanza di tre miglia dal centro di Padova.
Lungo il tragitto che portava ad Aquileia è stata rintracciata la stazione di tappa ad Portum (attuale Porto Menai, Venezia), di particolare importanza perché fungeva da snodo viario con la via Popilia; qui le due arterie si congiungevano e procedevano fino ad Altino, per poi dirigersi verso Aquileia. Nella sala sono esposti un ritratto femminile da Porto Menai e una stele funeraria altinate.

Le testimonianze raccolte in questa stanzetta sono relative ai culti, sia di importazione che locali. Del primo gruppo fanno parte tre rilievi votivi in marmo databili tra la fine del V e la fine del IV sec. a.C. Il primo rappresenta un’immagine di non chiara interpretazione in cui sono raffigurati un uomo/divinità barbato (Asclepio) seduto su trono con scettro e patera e un bimbo accasciato di fronte alla divinità (Plutone o divinità ctonia?) seguito da tre offerenti. Il secondo è scolpito su entrambi i lati ed è dedicato con certezza alla divinità salutifera Asclepio, di cui è riportata sia l’immagine che l’edificio a lui dedicato. Il terzo frammento di rilievo doveva essere offerto alle Ninfe, dato che è scolpita l’immagine di una figura femminile stante con peplo e chitone.
Tra il materiale di origine locale possiamo annoverare: due are votive cilindriche, una lastra con scena di sacrificio a rilievo e una serie di erme dedicate a Hermes, Dioniso e Pan. La prima ara, rinvenuta in Piazza Cavour, presenta da un lato una scena di sacrificio e dall’altro tre bucrani con festoni e ghirlande; la seconda presenta un foro centrale forse legato ai rituali dionisiaci ed è decorata con figure di Menadi danzanti.

Presso questa ampia sala sono conservati un sostanzioso numero di monumenti funerari romani, tre pavimenti in opus tessellatum e alcuni rilievi funerari di età greca di provenienza sconosciuta.
I tre tappeti musivi, sistemati a pavimento, provengono dagli scavi del Palazzo degli Anziani (da un ambiente termale riscaldato), di via C. Battisti e di via S. Lucia e si datano tra il I e il II sec. d.C. Caratteristica dei mosaici patavini è la quasi totale assenza di figure umane e animali, a favore invece di motivi geometrici e vegetali fortemente stilizzati.
Tra i materiali in pietra funerari esposti in questa sala possiamo annoverare lastre funerarie figurate, sarcofagi e are.
Le lastre funerarie a ritratti sono disposte lungo le pareti nord e sud della sala. Tra quelle della parete sud è bene citare la Stele degli Oppi, proveniente dalla raccolta Bassani e databile al I sec. d.C. La lapide in trachite è dotata di una nicchia a cassetta in cui sono rappresentati i quattro defunti della famiglia ricordati nella sottostante iscrizione. Particolare è anche la Stele di Maxsuma, di incerta provenienza (forse Noventa Vicentina) risalente alla prima età imperiale, per la rappresentazione della defunta a mezzo busto nella nicchia mentre regge un pomo, forse da accostare a riti e culti dionisiaci. Tra le lastre funerarie distribuite nel settore nord è d’obbligo menzionare quella dedicata al cavallo Aegyptus, che ribadisce l’importante ruolo che questo animale assunse anche nel mondo romano.
Lungo la parete ovest sono raccolte quattro are funerarie cilindriche, decorate con motivi floreali (ghirlande), animali (leoncini) e figure umane (tre menadi danzanti), databili tra I e II sec. d.C. A queste vanno affiancati tre altari funerari (posizionati dalla parte opposta della sala), iscritti e decorati con diversi motivi decorativi, che avevano la funzione di sovrastare il basamento dove erano collocate le ceneri del defunto.
L’ultima tipologia funeraria descritta è quella del sarcofago, ben rappresentata dalla fronte di sarcofago a cassapanca di Publius Aelius Ponticus (fine II-inizi III sec.d.C., forse da Ravenna), fatta erigere dalla madre Aelia Domitia per celebrare la prematura morte del figlio militare. A questa categoria appartengono anche due frammenti di rilievo con Amazzonomachia in marmo, rinvenuti presso il Liceo classico Tito Livio, originariamente appartenenti ad un sarcofago ma in seguito probabilmente riutilizzati come fregio architettonico.
Di recente allestimento sono le quattro piccole ma interessanti vetrine situate al centro della sala, contenenti una selezione di materiali della vasta necropoli sulla via Aurelia (che collegava Padova ad Asolo) rinvenuta nell’Ottocento nell’area della Stazione Ferroviaria. I reperti provengono da un centinaio di sepolture ad incinerazione appartenenti al ceto medio patavino. Nelle vetrine si trovano olle in terracotta utilizzate come vasi ossuari, vasellame da mensa offerto ai defunti (piatti, coppe, brocche e bicchieri), oggetti in bronzo (chiavi, strumenti per la cura personale, fibule per fermare le vesti ecc.), lucerne e vari contenitori in vetro come balsamari, coppe (tra cui una particolarmente raffinata, decorata lungo l’orlo con una fascia blu e sul corpo da linee oblique bianche secondo la tecnica detta “a reticella”) e un’olla destinata a raccogliere le ceneri di un defunto. Eccezionale è l’erma in pietra calcarea con funzione di segnacolo sepolcrale contenuta nell’ultima vetrina, caratterizzata da un volto allungato e spigoloso incorniciato da due file di riccioli sulla fronte, lunghe ciocche ai lati, baffi e una folta barba. Al contesto della necropoli appartengono anche alcune iscrizioni funerarie esposte nella stessa sala, tra cui quelle appartenenti alle due ricche famiglie dei Cartorii e dei Camerii, dedite alla produzione di laterizi. La maggior parte dei reperti si data tra l’età augustea e la metà del II sec. d.C., anche se non mancano oggetti più recenti.

L’ultima saletta riservata alla collezione romana è dedicata all’importantissimo monumento funerario dei Volumnii (età augustea), rinvenuto in stato frammentario in una frazione di S. Pietro in Viminario, presso Monselice e ad altri ritrovamenti funerari rinvenuti nel territorio al sud di Padova. Il restauro realizzato negli anni ’80 ha permesso di ricomporre l’opera: il monumento è costituito da un alto podio (dove corre l’iscrizione votiva dei committenti e al cui interno erano contenuti i loro resti) su cui si innesta un’edicola calcarea recante i ritratti dei 10 defunti, di cui 2 andati perduti. Le iscrizioni sottostanti ad ogni personaggio hanno aiutato a identificare i busti scolpiti nel lato sinistro come non appartenenti alla gens Volumnia. Questa deduzione contrasta con la scritta sottostante (hoc monumentum heredem non sequetur), che esclude la sistemazione di estranei in questo contesto commemorativo. Al centro del timpano sovrastante è raffigurata una quadriga in corsa verso sinistra. Il monumento si pone come espressione di diversi stili architettonici, afferenti sia alla tradizione medio-italica (lastre con busti ritratto dei defunti) sia a quella microasiatica e attica (naiskoi).
Sulla parete di sinistra sono presenti delle vetrine: la prima contiene una sfinge di fattura piuttosto rozza di età augustea e forse pertinente a un altro monumento funerario dalla stessa necropoli; l’altra invece è un frammento di rilievo raffigurante il Ratto d’Europa, con destinazione forse funeraria, proveniente da Legnaro (I sec. a.C. – I sec. d.C.).
Sulla parete destra ci sono altre due vetrine contenienti materiali relativi a quattro tombe di età compresa tra I – II sec. d.C., rinvenute ad Arzergrande e Vigoroveia.

In questa sala sono raccolti alcuni reperti egizi di area tebana e menfita, provenienti da diverse collezioni private. Tra queste va segnalato l’importante lascito che il patavino Gian Battista Belzoni fece al museo, consistente in due statue in diorite della dea leontocefala Sekhmet da Karnak. Al centro della sala sono posizionate due vetrine contenenti una cassa di mummia antropoide di Meres-Imen (600 sec. a.C.), un modello di sarcofago bivalve a testa di sparviero e un fondo di cassa di mummia. Sulla parete di sinistra è esposto inoltre il papiro iscritto e dipinto del libro dei morti di Horo (età tarda), con scena di pesatura delle anime.
Oltre alle suddette testimonianze egizie, all’interno di una teca a lato dell’ingresso si trova anche una rarissima e antichissima statuetta di produzione mesopotamica, raffigurante un personaggio maschile nudo e attribuibile alla seconda metà del IV millennio a.C. (periodo di Uruk). Oltre a quello padovano, ne esistono al mondo soltanto altri tre esemplari, conservati a Parigi e a Zurigo. La statuetta potrebbe raffigurare un offerente o un defunto di alto rango, forse un sovrano o un sacerdote.
Dal 2012 nella sala è stata inserita una stazione multimediale dedicata alla figura e l’attività di Belzoni.

La sala contiene vari materiali di produzione egizia relativi a diversi periodi storici.
Nella prima delle due grandi vetrine centrali si trovano una raccolta eterogenea di forme ceramiche, alcuni frammenti di statue e di rilievi in pietra, una serie di statuette votive in bronzo prodotte a partire dal VII sec. a.C., perlopiù con raffigurazioni di divinità; nella seconda sono esposti oggetti quali collane, scarabei, amuleti e vasi canopi (contenitori degli organi estratti ai defunti durante il processo di imbalsamazione).
Nella vetrina di fondo sulla parete di destra è custodita una collezione di “ushabti” (rispondenti), particolari statuette mummiformi deposte nelle tombe egizie con la funzione di rispondere al posto del defunto quando questo era chiamato a compiere i lavori agricoli nei campi dell’aldilà.
Nella stessa è esposta una ridotta ma rappresentativa collezione di stoffe copte, riferibili alla produzione tessile egiziana di epoca tardo antica e alto medievale. Si tratta di tre frammenti di stoffe decorate cui si aggiunge un copricapo di probabile origine copta.
Nella teca affianco è visibile invece parte di una tunica, donata come le altre stoffe dal cav. Antonio da Casagrande.
Nella parete opposta della stessa sala è esposta una stele funeraria in calcare bianco.

In questa sala sono raccolti cinque corredi tombali (Tomba 289, Tomba 274, Tomba 267, Tomba 263, Tomba 221) provenienti dalla necropoli della Banditaccia, zona Bufolareccia, presso Cerveteri. Il pregevole materiale etrusco esposto nella sala venne donato nel 1966 dalla contessa Giacinta Emo Capodilista Ruspoli, proprietaria dei terreni dove vennero effettutati gli scavi. L’esposizione delle testimonianze di questi ricchi corredi (contenenti prettamente materiale ceramico, in particolare bucchero etrusco) è accompagnata da una serie di pannelli che forniscono sia informazioni più generali riguardo l’origine e la formazione del popolo etrusco sia più specifiche inerenti all’architettura funeraria attestata a Cerveteri.

Anche il materiale qui raccolto è stato acquisito dal Museo grazie alla donazione della contessa Emo Capodilista, ma c’è da fare un distinguo rispetto al materiale esposto nella sala precedente: questi reperti appartenevano alla collezione dei principi Ruspoli già da tempo. L’arco cronologico coperto da questo materiale sporadico, consistente principalmente in buccheri, vasellame in bronzo e grandi bracieri d’impasto grosso e scuro, è molto ampio (IX sec. a.C.-II sec. a.C.).

In queste stanze sono raccolti materiali fittili relativi alle facies culturali già trattate. Anch’essi provengono dalle collezioni private padovane precedentemente citate.

La sala è dedicata alla collezione glittica del museo. La maggior parte delle gemme incise antiche appartiene all’ambito romano (I sec. a.C.-III sec. d.C.) e proviene dalla collezione del notaio Antonio Piazza.

Nel 1994 il prof. Calogero Casuccio donò al Museo Archeologico di Padova la sua ricca collezione comprendente 170 pezzi, ora raccolti nell’ultima saletta del museo. Sono due i nuclei che sostanzialmente la compongono: uno relativo alla ceramica greca (corinzia, attica a figure nere, attica a figure rosse, greco-orientale e laconica) ed uno più sostanzioso riguardante la ceramica italiota (apula a figure rosse, apula stile di Gnathia, geometrica daunia, messapica e peucezia e vernice nera). I pezzi più importanti sono quindi i preziosi vasi apuli figurati, tra cui possiamo ricordare una splendida phiale attribuita al “Pittore di Truro” e un imponente cratere assegnato al “Pittore di Copenaghen”.

Nel 1994 venne allestita e riordinata, nel chiostro del portico maggiore dell’ex convento, la collezione di reperti architettonici romani rinvenuti sporadicamente nel quartiere centrale di Patavium (soprattutto nella zona Pedrocchi-Cavour, dove erano ubicati il foro e il porto fluviale). Il criterio espositivo prevede la presentazione dei principali ordini architettonici romani nelle loro componenti fondamentali: colonne, capitelli, architravi, fregi e cornici. Il lapidario è provvisto di un ricco apparato didattico-illustrativo, recante indicazioni stilistiche e tipologiche. Tra i materiali esposti si segnala un fregio d’armi rinvenuto in riviera Tito Livio, probabilmente appartenente ad un tempio.