Il percorso museale inizia con i rinvenimenti dell’età del Rame (seconda metà del III millennio a.C.): punte di freccia, un’accetta levigata da Tarmassia e una lama di pugnale in selce da Giarella. Il maggior numero di testimonianze preistoriche rinvenute nella pianura veronese è però ascrivibile all’arco cronologico compreso tra il Bronzo Medio (XVIII-XVI sec. a.C.) e il Bronzo Recente (XIII sec. a.C.)-Finale (XII-X sec. a.C.). Gli insediamenti di questo periodo si trovavano ai margini delle depressioni entro cui scorrono i fiumi Tartaro e Tione ed erano costruiti su palizzate lignee. All’interno della prima vetrina i reperti appartenenti al Bronzo Antico sono quelli provenienti da Cà Magre; tra questi ricordiamo tre tazze, di cui una ansata, un frammento di vaso con decorazione incisa e un peso. Al Bronzo Medio appartengono un peso, un’accetta in pietra levigata, un’ascia in bronzo, uno scalpello in bronzo, frammenti di pettine in osso, vasetti in miniatura e un cucchiaio per fusione, tutti rinvenuti nella località di Trevenzuolo. Il Bronzo Recente è rappresentato dai materiali provenienti da Corte Vivaro, tra i quali menzioniamo una figurina fittile zoomorfa, alcune accette in pietra levigata, un fodero, una tazza, un’ansa lunata, alcuni pesi, un corno di cervo lavorato e una piastra di terracotta forata.
La visita continua con la presentazione di una vetrina-pannello dedicata alla tecnologia e agli strumenti in selce, utilizzati dall’uomo preistorico fino al Bronzo Recente. All’interno di questa vetrina, oltre ad una descrizione dettagliata delle tecniche di lavorazione della selce, sono esposti numerosi strumenti scoperti nel territorio veronese, come elementi di falcetto, raschiatoi quadrangolari e cuspidi di freccia.
La terza vetrina è interamente dedicata ad un importante abitato dell’età del Bronzo Medio, scavato in questo territorio nel 1992: l’insediamento della Giarella. Da questo sito provengono grandi ciotole carenate con anse lunate e con decorazione cruciforme, diversi oggetti in osso lavorato con decorazione a occhi di dado, fusarole, orci, vasi biconici, dolii, una spada in bronzo, frammenti d’intonaco di capanne con impronte di frasche e un grande blocco d’argilla per l’impasto.
La vetrina successiva è deputata ad accogliere il materiale archeologico dell’età del Ferro (IX- V sec. a.C.), le cui conoscenze attuali sono limitate quasi esclusivamente alle necropoli, rinvenute nel territorio limitrofo ad Isola della Scala: il sepolcreto di Sorgà e quello della Palazzina. Della prima necropoli si segnalano diverse tazze ansate (di cui una con decorazione a borchiette in bronzo), alcune urne cinerarie, una ciotola-coperchio, varie ollette, una parte di vaso a stivale e alcuni rocchetti. Dalla seconda necropoli provengono il grande dolio in ceramica di produzione veneta alto 74 cm e diversi frammenti di vasi zonati (a fasce rosse e nere).
L’età del Ferro, oltre che da materiali funerari, è documentata anche da una scelta di materiali trovati nel sito di Castion di Erbè (VIII – metà del VI sec. a.C.), esposti in una vetrina di recente allestimento. Castion di Erbè, oggetto di una serie di campagne di scavo negli anni Settanta del secolo scorso, era un abitato che si estendeva per un’area di circa 4 ettari, al di sopra di un dosso lungo la riva destra del fiume Tartaro. Nella vetrina si trovano vasi di uso domestico (tazze monoansate finemente decorate, vasi situliformi, olle e ollette, vasi/bicchieri, bicchieri, scodelloni, coppe e teglie), oggetti attinenti alla sfera dell’abbigliamento personale (aghi crinali in osso, fibule, uno spillone e un armilla in bronzo), oggetti che sono forse espressione dell’aspetto cultuale domestico (una "rotella", figurine fittili, umane e animali, forme a "stellina" e a "falce di luna", fedeli produzioni miniaturistiche di note forse vascolari e una palmetta in bronzo decorata), reperti che rimandano alla pratica dell’agricoltura (una zappetta in corvo di cervo, frammenti di vasi silos anche decorati e una macina in trachite), della filatura e tessitura (taralli, pesi da telaio, rocchetti e fusaiole) e dell’artigianato ceramico (nucleo di argilla recante le impronti delle mani di chi lo aveva preparato, "pettini" di osso-corno e brunitoi per la rifinitura delle superfici dei vasi.
La presenza romana nell’antico territorio di Isola della Scala è testimoniata dalla necropoli della Pellegrina e dal miliare di Massenzio. Quest’ultimo, ritrovato in località Falceri, attesta che in quest’area doveva passare una delle più importanti arterie del Nord Italia, la via consolare Claudia Augusta Padana, stesa in epoca giulio-claudia e ristrutturata, nella tarda antichità, dall’imperatore Massenzio (306-312 d.C.). La maggior parte dei reperti di epoca romana provengono dalla torbiera di S. Carlo della Pellegrina e vennero alla luce in occasione dei lavori di scavo effettuati nel 1989 e di un successivo intervento di esplorazione subacquea, che permise di accertare la presenza di una necropoli del I sec. d.C. Le tipologie tombali erano principalmente due, riproposte all’interno del Museo: ad anfora segata o entro cassette composte da tegole. I corredi, esposti all’interno delle due vetrine successive, comprendevano vario vasellame ceramico (olle in ceramica comune verniciata, coppe in ceramica a pasta grigia, coppette, brocche e un piatto in terra sigillata con bollo), lucerne, fibule in bronzo, contenitori in vetro (un’anfora in vetro blu, una coppa con parte di ansa tortile, balsamari) e utensili in bronzo (roncole, un coltello e un falcetto).
Il mondo funerario è illustrato anche da tre monumenti collocati nella cappella di sinistra della Chiesa di Santa Maria Maddalena: una stele frammentata con dedica agli Dei Mani già rimpiegata nella Chiesa della Bastia di Isola della Scala e due stele prive della parte superiore provenienti da Buttapietra (Isec. d.C.): una con la raffigurazione di due grifi in posizione araldica ai lati di un’urna ed una con la raffigurazione di alcuni oggetti (calamaio, volumina, scrinium) che sembrano alludere all’attività di un magistrato municipale.
Da altre località provengono materiali di vario genere, come un diaspro rosso di forma ellittica con intaglio su ambo le facce (da Trevenzuolo), tessere musive (da Tarmasia), elementi di pavimento in cotto (da San Gabriele) e in marmo (da Falceri), resti di macine, numerose monete (dalla monetazione celtico-padana a quella romana del IV sec. d.C.) e tre bronzetti di eccezionale fattura, rappresentanti un Erote su delfino, un Lare e la lotta tra Ercole e Anteo (al museo sono esposte tre copie, mentre gli originali si trovano al Museo Archeologico al Teatro Romano di Verona).
Il percorso si conclude con una vetrina nella quale sono esposti una spada ed un umbone di scudo, oggetti che sono caratteristici delle tombe dei guerrieri longobardi (fine VI – VII sec. d.C.), provenienti da località Zera (comune di Buttapietra).