Gli scavi condotti alla fine degli anni Sessanta all’interno della chiesa di San Procolo e nella zona circostante misero in luce circa 16 tombe ad orientamento nordest-sudovest, di cui sette alla cappuccina, una in anfora (probabilmente la sepoltura di un bambino) e otto a cassa con la copertura, i lati e il fondo in lastre di calcare. La datazione di queste tombe è incerta, ma le diverse tecniche costruttive presenti, insieme ai titoli funebri trovati nei dintorni della chiesa o riutilizzati in essa, suggeriscono che possano essere riferibili al I-III sec. d.C.
Il cimitero tardoantico (IV-V sec. d.C.) si imposta sulla necropoli romana ed è separato da questa da un riporto di terra alluvionale e da sottili piani d’uso interpretati come il risultato dei riti che accompagnavano la sepoltura. Vennero originariamente rinvenute 11 tombe, del tipo a cassa e con il fondo, le pareti e la copertura in calcare rosa. Una di queste, rinvenuta intatta, conservava tre scheletri affiancati deposti in un unico momento, con le teste poggianti su un cuscino formato da due lastre rivestite di malta. Il corpo centrale presentava in corrispondenza del cranio una corona di rami intrecciati. Alcune di queste tombe sono parzialmente visibili all’interno della cripta, sul lato sinistro e sotto la scala.
La basilica di San Procolo venne edificata tra il V e il VI secolo al di sopra del cimitero tardoantico. L’impianto era ad aula unica absidata e misurava circa 32,40 metri in lunghezza e 11,10 in larghezza. La pavimentazione era in battuto di malta ed è ancora parzialmente visibile a metà della scala di accesso alla cripta, sulla sinistra. Le murature si conservano a livello di fondazione, e sono del tipo a sacco con ciottoli fluviali legati da malta. L’alzato, dove si è conservato, era in mattoni frammentari con ciottoli disposti regolarmente a corsi. Se ne vedono alcuni resti a metà della scala di accesso alla cripta, oltre le tombe.
Intorno all’XI secolo l’edificio fu dotato di una cripta cui si accedeva mediante una grande scalinata centrale della larghezza della chiesa stessa. Nel XII secolo l’edificio venne ampliato di 6 metri in lunghezza e venne esteso fino alla facciata attuale. Ulteriori rifacimenti furono condotti nel corso del XVI secolo e comportarono, fra gli altri, la realizzazione di un nuovo impianto di accesso alla cripta, con eliminazione della precedente scalinata di accesso e costruzione di uno spesso muro di contenimento oggi visibile lungo la scalinata di discesa ad essa.