L’area archeologica nella basilica dei SS. Felice e Fortunato presenta i resti delle fasi edilizie più antiche della chiesa, riferibili la prima (basilica antica) alla fine del IV-inizi del V sec. d.C., la seconda (basilica tripartita) alla seconda metà del V sec. d.C.
La basilica antica (fine IV – inizi V sec. d.C.) era costituita da una unica aula rettangolare di 19,7 x 10,33 m che si sviluppava con direzione est-ovest (in pianta: A). L’ingresso alla chiesa si trovava sul lato occidentale ed era caratterizzato dalla presenza di un nartece, presumibilmente scandito da due pilastri quadrati (o da due colonne) in tre varchi. Lungo il lato lungo settentrionale della chiesa si trovavano due ulteriori ambienti, interpretati come ambiente di servizio (in pianta: B) e come possibile battistero (In pianta: C). La pianta della basilica antica è oggi segnata sul pavimento della chiesa mediante fasce in marmo rosso di Verona mentre della pavimentazione sono visibili, al centro della navata principale, alcuni lacerti musivi policromi con le dediche di alcuni fedeli.
Nella fase edilizia successiva (seconda metà del V sec. d.C.) la basilica viene trasformata in un complesso monumentale più ampio di 35,2 x 20,38 m, diviso in tre navate da pilastri sotto arcate. La basilica aveva abside rettangolare (in pianta: D) e nartece (in pianta: E) al quale, in un secondo momento, venne aggiunto un lungo atrio rettangolare con portici profondi 5 m sui lati nord, sud e ovest (in pianta: F). A nord di questo complesso sono state rinvenute parti di un edificio ottagonale con diagonali interne di m 8,40 (in pianta: G), interpretato come possibile battistero a causa della sua posizione, adatta alle necessità liturgiche. Dalla navata destra della basilica si accede al sacello di S. Maria Mater Domini (in pianta: H), eretto tra la fine del V e gli inizi del VI secolo. Della basilica tripartita sono oggi visibili alcuni lacerti musivi, conservati a vista lungo il perimetrale sud della chiesa, l’uno con ottagoni alternati a croci e quadrati, l’altro con motivi vegetali entro tondi. Della pavimentazione della navata principale rimane un lacerto rimesso in opera accanto ai resti sopra citati della pavimentazione più antica.
Risale al X secolo, infine, la costruzione della cripta con tutta la chiesa romanica, successiva alle devastazioni ungare. All’esterno della chiesa sono oggi conservati alcuni sarcofagi tardoantichi pertinenti al cimitero e in uso già dall’età imperiale. In questo cimitero, forse verso la fine del IV secolo, vennero portati il corpo del martire Felice e le reliquie di Fortunato, ai quali è dedicata la basilica.