Il museo è compreso in un’unica navata, in cui sono raccolti i principali reperti rinvenuti durante gli scavi dell’area della chiesetta. L’ingresso per i visitatori è posto sul lato lungo meridionale dell’oratorio; il percorso inizia con l’esposizione delle fondamenta dell’antico sacello cristiano, risalenti al VII-VIII secolo. Alla stessa fase appartengono due rilievi in pietra, esposti su un tavolino vitreo in prossimità dell’altare; questi due reperti sono considerati i pezzi più importanti dell’intera collezione e raffigurano un orante e un agnello crocifero. Sul lato lungo rivolto a nord, adiacente all’altare, adagiato a terra, troviamo un frontone, fregiato dello stemma dell’ultimo abate (abate Quirini), probabilmente rimosso e deposto al suolo per condannare il dissoluto comportamento del priore.
Procedendo in senso antiorario troviamo due vetrinette, in cui sono collocati sei reperti risalenti alla fine dell’ VIII-inizi IX secolo: si tratta perlopiù di frammenti lapidei di decorazione architettonica, alcuni a motivo vegetale, altri più semplici.
La successiva bacheca espone invece resti appartenenti alla fase romana (due mattoni bollati e un contenitore fittile con ossa combuste all’interno), che confermano la presenza di una necropoli appena fuori dal presunto sacello romano.
L’ultima teca esibisce un fonte battesimale ed un elemento decorativo in cotto con motivi fitomorfi, appartenenti al XII-XIII secolo.