Il tema della prima sala riguarda il territorio polesano prima di Frattesina. Il quadro del popolamento è ancora incompleto e gli abitati sembrano piuttosto radi. Altri temi trattano l’insediamento di Frattesina nel contesto europeo e italiano. Infine, si accenna all’antica idrografia della pianura e all’antico ambiente naturale del Polesine.

In questa sala viene dato un inquadramento generale dell’Italia nord-orientale dalla fine dell’età del Bronzo agli inizi dell’età del Ferro e vengono esposti i reperti degli insediamenti di Mariconda, Villamarzana, Montagnana e Treviso. Sono presentate anche alcune sepolture dalle necropoli di Desmontà, Garda e Gazzo Veronese. Infine, si dà un breve accenno alla storia delle ricerche in Polesine.

La terza sala è dedicata all’abitato di Frattesina, di cui illustra la vita nel villaggio, la casa, la vita domestica, la cottura dei cibi, il trattamento e la conservazione degli alimenti, la filatura e i tessuti, gli abiti e gli ornamenti, il mondo agricolo, caccia e pesca, la ceramica, la lavorazione dell’osso e del corno, la produzione del vetro, l’artigianato metallurgico, scambi e contatti, metalli e vetro, ambra, avorio e uova di struzzo, il Tesoretto e aspetti cultuali.

La lunga sala che occupa tutto il piano superiore del museo illustra le due necropoli di Frattesina: la necropoli di Fondo Zanotto e quella di Narde. Di ogni necropoli viene presentata la storia delle ricerche e degli scavi e vengono esposti i materiali delle singole tombe, suddividendole secondo i corredi funebri maschili, femminili e infantili. Altri pannelli illustrano i rituali funerari e le analisi sulle ossa. A conclusione dell’esposizione è stata realizzata una ricostruzione di un contesto funerario, composto da un tumulo funerario e da due sepolture ad inumazione provenienti dalla necropoli di Fondo Zanotto. L’installazione è corredata da un video che mostra le diverse fasi del rito funerario a Frattesina.